拔出内窥镜后，立即用纱布蘸上洗涤液或多酶洗液擦拭插入部，拔下送气、送水按钮并放入洗涤液中，插入清洗专用按钮，来回送气送水，按下吸引按钮座，来回吸引洗涤液与空气。防止黏液干燥后难以清除，同时点检内窥镜的外观。内窥镜在入水前一定要戴上防水帽，并认真检查防水帽是否盖紧。防水帽要时刻确保处于干燥状态，避免引起电气接口潮湿使 EL 座接点腐蚀。手工清洗时要确认清洗工具没有脏污，没有磨损的划痕、裂缝、扭曲、金属与刷毛脱落等情况，避免对内窥镜造成破损，清洁刷应保持平直，避免与按钮安装座产生摩擦。当天检查结束后应进行漏水检测，在水中测漏时不可安装或拆除测漏器连接接口，避免内窥镜进水，造成损坏，测漏结束后应充分排除镜中气体，避免弯曲外皮损坏。检测完毕，须用压缩空气将活检孔、吸引孔、送气送水等管腔吹干，特别是电气接点上的水分，然后垂直悬挂在干燥、温度适中的地方，否则残留的水分会使空气中的细菌在内窥镜内外繁殖，造成污染。